Suivi des écureuils roux à Marseille et ses alentours

Un suivi génétique au cœur du territoire marseillais

L'écureuil roux ne se laisse pas facilement observer. Rapide, souvent perché dans les arbres et actif par intermittence, il peut traverser un site sans être aperçu. Les chercheurs utilisent donc des collecteurs de poils : des installations conçues pour inciter l'animal à passer dans un point précis, où quelques poils peuvent rester accrochés.

Ces échantillons constituent une source précieuse d'ADN. Après analyse, ils peuvent aider à distinguer les individus, à repérer des liens de parenté et à comprendre comment les populations restent connectées d'un secteur à l'autre. Cette méthode évite de capturer ou de manipuler les écureuils.

Un poil prélevé sur le terrain peut raconter une partie du trajet d'un animal à travers la ville, les collines et les fragments de forêt.

Le déploiement marseillais s'inscrit dans les programmes Scaled et Résilience. Il prolonge des travaux déjà menés dans les paysages d'Aix, de Montpellier et des Alpilles, afin de comparer différentes formes d'urbanisation et de milieux naturels méditerranéens.

Ce que les poils révèlent sur les déplacements

La génétique du paysage étudie l'influence du territoire sur les échanges entre populations animales. Dans le cas de l'écureuil roux, elle vise à savoir si les déplacements dépendent surtout de la surface d'habitat disponible ou de la manière dont cet habitat est organisé.

Un grand massif boisé peut offrir nourriture, abris et sites de reproduction. Mais des zones plus modestes peuvent aussi jouer un rôle déterminant si elles forment une continuité : alignements d'arbres, jardins arborés, ripisylves, parcs, friches végétalisées ou haies. Ces espaces servent parfois de relais entre deux secteurs forestiers éloignés.

La question ne concerne pas uniquement les écureuils. Les continuités végétales utiles à cette espèce peuvent aussi profiter à de nombreux oiseaux, insectes, petits mammifères et organismes associés aux arbres. Dans une métropole proche du littoral, le lien entre reliefs, vallons, parcs et milieux côtiers participe à la diversité du vivant.

Des collecteurs répartis à Saint-Jérôme et Joseph-Aiguier

Le suivi repose déjà sur quatre collecteurs posés dans deux secteurs marseillais : deux à Saint-Jérôme et deux à Joseph-Aiguier. Leur implantation a été rendue possible avec l'appui de bénévoles, dont la participation est essentielle pour surveiller les dispositifs sur la durée.

La collecte ne consiste pas à déposer un équipement puis à attendre. Les collecteurs doivent être revisités selon un protocole rigoureux, afin de relever les poils, limiter les contaminations et conserver des données comparables entre les sites. La localisation, l'état du dispositif et les éléments observés sur place sont également utiles pour interpréter les résultats.

Une démarche non invasive, mais exigeante

Les collecteurs de poils font partie des outils de suivi non invasifs. Ils permettent d'obtenir des informations biologiques sans poser de piège de capture et sans équiper les animaux de balises. Cette approche est particulièrement adaptée aux espèces discrètes et aux espaces fréquentés par le public.

Elle comporte aussi des limites. Un poil recueilli ne garantit pas toujours une identification exploitable : la quantité d'ADN peut être faible, l'échantillon peut être dégradé ou le prélèvement provenir d'une autre espèce. C'est pourquoi les résultats prennent de la valeur lorsqu'ils sont répétés, comparés et replacés dans leur contexte paysager.

Les équipes impliquées dans le suivi associent la coordination scientifique, les visites de terrain et le soutien de personnes volontaires. Victorine Demiralp, ingénieure d'étude, Cécile Albert, chargée de recherche, et Clara Saillard, stagiaire au sein de l'équipe POPCO, participent à la revisite des équipements.

• Repérer les secteurs arborés susceptibles d'être utilisés par l'écureuil roux.
• Installer les collecteurs dans des conditions reproductibles.
• Relever les échantillons sans contaminer les supports.
• Comparer les profils génétiques obtenus entre les différents paysages.
• Relier les résultats aux continuités et aux coupures du territoire.

Comprendre les coupures écologiques dans une grande ville

Routes larges, voies ferrées, quartiers denses, clôtures continues ou absence d'arbres peuvent ralentir les mouvements des animaux. Pour un écureuil, qui circule volontiers dans la canopée et utilise les branches comme des passages, une rupture entre deux zones arborées peut devenir un obstacle concret.

À l'inverse, quelques arbres bien placés peuvent réduire cette discontinuité. Une avenue plantée, un parc raccordé à un vallon, un jardin conservant des arbres matures ou une bande boisée le long d'un cours d'eau ne remplacent pas une forêt, mais ils peuvent contribuer à maintenir des déplacements.

La génétique permet de vérifier si cette continuité apparente fonctionne réellement. Deux espaces peuvent sembler proches sur une carte et rester isolés pour une population si les animaux ne les traversent pas. À l'opposé, une connexion discrète peut s'avérer efficace lorsqu'elle est régulièrement empruntée.

Du sud méditerranéen vers un nouveau paysage d'étude

Après Marseille, le programme prévoit d'examiner un paysage situé à Lille. Ce changement de région permettra de confronter les observations réalisées en contexte méditerranéen à un environnement urbain et climatique différent.

Cette comparaison est utile, car la disponibilité des arbres, la composition des boisements, la densité des infrastructures et la saisonnalité des ressources ne sont pas identiques d'un territoire à l'autre. L'écureuil roux reste une espèce largement liée aux formations arborées, mais ses possibilités de déplacement dépendent des caractéristiques locales. [ En savoir plus ici ]

Au-delà de l'espèce étudiée, ce type de travail apporte des repères concrets pour penser la trame verte, c'est-à-dire le réseau d'espaces végétalisés capable de soutenir les déplacements du vivant. Dans les villes tournées vers le littoral, cette trame peut aussi relier les collines, les parcs et les vallées aux milieux marins ou côtiers, où les pressions humaines et écologiques se rencontrent.

Ce que chacun peut observer sans perturber la faune

La présence d'un écureuil roux peut être signalée par une observation directe, mais aussi par des indices : cônes rongés au pied d'un arbre, restes de coquilles de graines, nids sphériques formés de brindilles ou déplacements rapides dans les branches. Ces indices doivent être regardés à distance, sans chercher à approcher l'animal ni à déplacer son abri.

Dans les secteurs concernés par le suivi, les équipements scientifiques doivent rester intacts. Photographier un écureuil depuis un chemin, noter le lieu et l'heure, ou signaler une observation à une structure compétente peut être utile. Nourrir régulièrement les animaux sauvages l'est beaucoup moins : cette pratique modifie leurs habitudes et peut accroître les risques sanitaires.

La valeur de ce suivi repose sur la répétition des prélèvements et la finesse des comparaisons. Chaque collecteur revisité ajoute une pièce au puzzle des déplacements de l'écureuil roux, depuis les arbres d'un campus ou d'un parc jusqu'aux grands ensembles végétalisés qui structurent la métropole.